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Das Kloster St. Trudpert im Münstertal auf der rechten Seite des Rheins geht auf die Zellengründung des heiligen Trudpert zurück. Trudpert, ein fränkischer Wandermönch, missionierte um das Jahr 640 n. Chr. im Breisgau. Seine missionarische Tätigkeit endete im Jahr 643 durch seinen gewaltsamen Tod. Er wurde durch 2 Knechte erschlagen, wie es die Überlieferung zu erzählen weiß. An der Stelle, wo der heilige Trudpert gestorben sein soll, steht eine 1698 in Gestalt eines lateinischen Kreuzes erbaute, von einer Kuppel überwölbte Kapelle. Aus der im Münstertal gegründeten Zelle des heiligen Trudpert entwickelte sich später ein Benediktinerkloster. Um das Jahr 900 wurde das Kloster Trudpert dem elsässischen Grafen Luitfrid unterstellt und von ihm und seinen Söhnen reiche ausstattet. Ein Eigenkirchenrecht an der späteren Benediktinerabtei machte um 1200 das Bistum Straßburg geltend, da der Neubau des Klosters nach einer Brandkatastrophe im 10. Jahrhundert die straßburgsche Hilfe ermöglicht hatte. Außer der Grundherrschaft und den Pfarrechten im Münstertal besaß die Abtei zahlreiche Güter in Orten des Breisgaus, besonders eine Anzahl Kirchen wie in Berghausen (Schönberg), Grunern, Biengen, Krozingen, Laufen und Tunsel und Bombach.

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Die Klostervogtei war nachweisbar seit Beginn des 13. Jahrhunderts in den Händen der Herren von Staufen, bis zum deren Aussterben im Jahr 1602. Streitigkeiten mit den Herren von Staufen waren an der Tagesordnung. Sie saßen die auf ihrer Burg Staufen am Eingang des Münstertales und waren ebenso wie das Kloster an dem florierenden Bergbau im Tal interessiert. Ihre strategisch am Saumpfad ins Wiesental gelegene Burg Scharfenstein im oberen Münstertal wurde erstmals 1267 genannt. Unterhalb des Klosters befand sich die mittelalterliche Bergbaustadt Münster. Burg Scharfensten wie auch Münster wurden allerdings bereits 1346 von Bewaffneten Truppen der Stadt Freiburg zerstört.

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Durch Verfälschung von Urkunden und durch geschicktes Ausnützen der Geldverlegenheiten der Vögte konnte das Kloster die Grundherrschaft über das ganze Talgebiet an sich reisen, auch das Eigentum an den ökonomisch einträchtigen Silberbergwerken. In den geistigen Bewegungen des Mittelalters wie der Neuzeit hat das Kloster St. Trudpert anders wie die benachbarten großen Schwarzwaldabteien St. Blasien und St. Peter keine besondere Rolle gespielt. Im Jahr 1806 fiel das Kloster an Baden, das es im Zuge der Säkularisation aufhob. Die Klostergebäude sind nur teilweise erhalten und sind ein Werk des Vorarlberger Baumeisters Peter Thumb. Sie wurden in den Jahren 1738 und 1739 erstellt. Das frühere gotische Langhaus der Klosterkirche, heute Pfarrkirche von Münstertal, wurde seit 1715 durch einen einschiffigen Neubau ersetzt. Von der mittelalterlichen Bausubstanz ist nur der gotische Chor von 1436 erhalten. Seit 1920 beherbergen einige Klostergebäude das Mutterhaus der St. Josephs-Schwestern mit einem Altersheim.